Aunque la primera noticia documental de la presencia de la imagen de María Santísima de Araceli en Lucena corresponde al día 27 de abril de 1562, en que se acuerda disponer los preparativos para recibir a Nuestra Señora; muy pronto, en 1563, ya se había constituido la cofradía según algunos historiadores, celebrando ésta en el Santuario la fiesta de Nuestra Señora en la jornada del primer domingo de mayo.
La devoción a la Santísima Virgen bajo la bendita advocación de Ara Coeli -Altar del Cielo- creció rápidamente por la comarca y hacia 1600 la primitiva cofradía tomó la iniciativa de construir un nuevo templo, de mayor capacidad que la primera ermita, ante el incremento de devotos y peregrinos.
De 1613 es la primera bula de indulgencias, concedida por Su Santidad Paulo V a los cofrades de Nuestra Señora de Araceli, ratificada y ampliada en 1668 por el papa Clemente IX.
Hacia la mitad del siglo XVII la cofradía tuvo un importante resurgimiento, manifestado por la construcción a partir de la Primera Cruz, del Vía-Crucis de piedra que culmina en la cumbre o por la fundación en el Santuario de una capellanía con carácter fijo, desde 1629, para atender los cultos y gobernar a los herma- nos que pedían para el mantenimiento de la devoción. La administración de rentas y limosnas del cepo era realizada por el hermano mayor, que se ayudaba de un tesorero y un mayordomo.
El fallecimiento del hermano mayor, don Antonio Curado de Velasco, ocurrido en diciembre de 1672, marca el comienzo de la intervención municipal en el gobierno de la cofradía en base a un acuerdo realizado con el vicario de las iglesias lucentinas.
Este acuerdo es ratificado en 1674 por el duque de Medinaceli, como patrono del Santuario. A partir de ese mismo año los responsables municipales ocuparon los cargos principales de la cofradía, que estaba en situación anómala.
Durante un siglo la cofradía de Nuestra Señora de Araceli entra en un círculo cerrado que vivió auspiciado por las directrices del capellán y el Ayuntamiento que incluso participaba en la designación del capellán. Pero en 1773 es tan grande el fervor y deseo de muchos por inscribirse como hermanos en la cofradía, que el capellán, don Juan Andrés de Castilla Guerra, consiguió autorización municipal para poder ampliar la pertenencia a la misma, hasta entonces restringida. Ese mismo año se estrenó el precioso estandarte que aún se conserva, primitivamente en color azul, y después traspasado a terciopelo carmesí. Se abandonó de esta manera la extraña situación canónica, y a finales del siglo XVIII se reelaboraron unas ordenanzas para mejorar la administración y gobierno del Santuario y la delimitación de funciones para todos los sectores implicados.
Durante el siglo XIX, de gran agitación social, la cofradía se sustentó en tres pilares, la devoción creciente a nivel popular, el control administrativo y espiritual que ejercía el capellán y las designaciones anuales que efectuaba el consistorio para elegir hermano mayor. Esto, junto a la influencia de personajes como don Fernando Ramírez de Luque don Antonio Rafael Domínguez Valdecañas, obispo de Guadix y Baza, consiguieron la ansiada ratificación oficial del patronazgo religioso de la Virgen de Araceli sobre Lucena, acontecido en 1851.
En 1862 Su Santidad Pío IX firmó la Bula de agregación del Santuario de Nuestra Señora a la Santa Casa de Loreto, concediéndole las mismas gracias e indulgencias que a ésta. Desde 1885 en adelante se sucedieron anualmente juntas organizadoras de las Fiestas Aracelitanas, por designación municipal para complementar las labores organizativas y cultuales de los capellanes, que a partir de 1907 volvieron a ser nombrados en el cargo por el obispo, pero a propuesta municipal. En 1948, año de la coronación canónica de Nuestra Señora de Araceli, renació con vigor la cofradía, al margen de cualquier poder temporal, siendo su primer hermano mayor don Pedro Montilla Domingo. Aun así, no sería hasta 1954, con el mandato de don Abundio Aragón Serrano, cuando la cofradía adquirió la solidez que hoy día presenta. De esa época es la revista “Araceli” y la mayor parte de los actos que hoy envuelven al primer domingo de mayo.Con gran entusiasmo celebró la cofradía en 1962 el IV Centenario de la llegada de la Virgen a Lucena, especialmente por la carta recibida de S. S. Juan XXIII. Con posterioridad también hizo lo propio con las correspondientes bodas de plata y de oro de la coronación canónica.
En los últimos tiempos, la Real Archicofradía junto con la Obra Pía de María Santísima de Araceli realizan una ingente labor de restauración de todo su patrimonio, tanto en el Santuario, como en la Casa de
la Virgen, cuya reedificación se inició en 1987.
En el cincuentenario de la coronación canónica de Nuestra Señora, la Real Archicofradía consiguió que se incluyera en el lema del escudo de
Lucena el calificativo “Mariana” reconociendo así la devoción aracelitana de la ciudad.
Por último habría que dejar constancia de que el reconocimiento oficial del título de Real para la Archicofradía se consiguió de Su Majestad en el año 2008. Extraoficialmente se ostentaba desde 1985, cuando S. M. el Rey, don Juan Carlos de Borbón, aceptó el título de hermano mayor honorario. Así mismo, en el año 2010 llegó el reconocimiento de Real Santuario para el conjunto arquitectónico de Nuestra Señora en la Sierra de Aras.